Existen dos tipos de anexos: los acuerdos, emitidos por el Rector y el Patronato Universitario, mediante los cuales se establecen disposiciones para la mejor funcionalidad de Comité Asesor de Obras, así como para la creación de programas específicos de obra nueva y de servicios relacionados con la misma que se requieran, y desde luego para modificar y adicionar la normatividad de obras de la UNAM. El otro anexo existente es el Manual de Integración y Funcionamiento del Comité Asesor de Obras de la UNAM, elaborado y aprobado por el Comité Asesor de Obras.